Siamo nell'autunno 2003 e, dopo un breve periodo di vacanza, Avril inizia a lavorare per il secondo album: aveva già dichiarato che il secondo album sarebbe stato più "duro" e più personale del precedente. Passa molto tempo con il suo chitarrista e grande amico Evan Taubenfeld. I due hanno molte idee, ed alcune si traducono in realtà. Nascono Take Me Away, Don't Tell Me e Freak Out; quest' ultima con Matt Brann.

Per questo secondo album collabora con una cantautrice conosciuta durante il 2003 e divenuta sua grande amica: Chantal Kreviazuk. Verranno scritte Toghether, He Wasn't, How Does It Feel, Forgotten, Who Knows e Slipped Away. Con il marito di Chantal, Raine Maida, Avril scrive Fall to Pieces. Collabora anche con Ben Moody, il chitarrista degli Evanescence che, nel frattempo, aveva lasciato la band. Insieme a lui scrive Nobody's Home. L'album viene completato con il brano My Happy Ending scritto con Butch Walker.

Durante questo periodo si fidanza con il cantante dei Sum 41 Deryck Whibley e, nell'estate 2004, lascia la sua abitazione di Toronto e va a vivere a Los Angeles con lui.


Il 30 aprile 2004 esce in Italia il primo singolo Don't Tell Me a cui faranno seguito My Happy Ending (il 1 settembre 2004 in Italia), Nobody's Home (il 12 dicembre 2004 in Italia) e He Wasn't, che è uscito il 21 marzo 2005. L'album esce il 21 maggio 2004 in Italia e s'intitola Under My Skin.

Avril lo promuoverà negli USA facendo un mini tour acustico, insieme ad Evan Taubenfeld, nei grandi centri commerciali, chiamato "Mall Tour". Durante la promozione fa tappa anche in Italia il 1° maggio 2004 a Napoli ospite dello show Total Request Live e lo stesso giorno a Roma per una session acustica riservata a soli 400 fans. Il 26 settembre 2004 inizia con il concerto di Monaco di Baviera la prima parte del nuovo tour mondiale di 32 tappe chiamato "Bonez Tour" che si concluderà il 25 novembre 2004 a Kelowna in Canada. Alla fine del 2004, l'album ha venduto più di 7 milioni di copie.


Avril Lavigne a Hong KongIl 12 marzo 2005 a Kobe in Giappone inizia la seconda parte del tour di 99 date che si concluderà il 25 settembre a Sao Paulo in Brasile. In Italia sono due i concerti: a Milano il 29 maggio e Napoli il 31 maggio.